В соответствии с абзацем 3 подпункта 14 пункта 3 статьи 346.12 Налогового кодекса РФ упрощенную систему налогообложения не имеют право применять организации, в которых доля участия других организаций составляет более 25 процентов.
Данное ограничение не распространяется на некоммерческие организации. Таким образом, АНО, которая учреждена единственным учредителем ООО, может применять упрощенную систему налогообложения без риска налоговых претензий.
Такую же позицию подтверждает
Минфин в Письме от 21.01.2020 N 03−11−06/2922.